Para explicar el paso de las células procariotas (bacterias o arqueas, no nucleadas) a las células eucariotas (células nucleadas constituyentes de todos los pluricelulares), la Teoría Endosimbiótica de Lynn Margulis propone los siguientes principios:

1. En la célula procariota se formaron compartimientos o invaginaciones a partir de su membrana, ya que había perdido antes la pared celular. 

2. Probablemente se presentaron tres incorporaciones simbiogenéticas de bacterias con sus propios genes con las que se originaron las células que conforman a los individuos de los otros cuatro reinos.

a. La primera bacteria: aportó los andamios de microtúbulos.

b. La segunda bacteria: ciertas capacidades metabólicas peculiares.

c. La tercera bacteria: se convirtió en las actuales mitocondrias.

3. Esa célula eucariota primigenia empezó a proliferar, y uno de sus descendientes sufrió aún otra experiencia traumática: se tragó a una bacteria fotosintética de la que provienen los actuales cloroplastos. A esta se le llamó fagocito primitivo.

4. Esta asociación se hereda por reproducción asexual (bipartición).

5. El Fagocito primitivo es una célula bacteriana dotada de una organización eficiente para alimentarse de otras bacterias. Se trata de un cazador que persigue a su presa.